 Le maintien d'une bonne santé du microbiote a été comparé par Lozupone et al à celui d'une pelouse: un terrain sain et fertile peut être dévasté par des interventions lourdes (comme le ferait l'antibiothérapie sur le microbiote intestinal), l'obligeant à repartir de presque zéro. Il s'agit là d'une situation propice à l'arrivée de mauvaises herbes adaptées à l'écosystème perturbé.
Les stratégies établies pour restaurer cet écosystème incluent: les probiotiques (comparés au fait de replanter de nouvelles pousses), les prébiotiques (comparés aux engrais) et la transplantation fécale (comparée à la pose d'un tapis de pelouse déjà constituée).
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